به‌دنبال اظهاراتی که نجفی در این مدت درباره‌ی وضعیت سازمان میراث
فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری داشته، برخی رسانه‌ها مطالبی را درباره‌ی
رفتن او از این سازمان منتشر کرده‌اند و حتی برخی گمانه‌زنی‌ها حاکی از این
است که با تشکیل سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی (برنامه و بودجه سابق)
محمدعلی نجفی به این سازمان خواهد رفت.
اما نجفی روز سه‌شنبه در پاسخ به پرسش خبرنگار ما درباره‌ی صحت یا سقم خبر رفتن او از سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری، گفت: «در این‌باره ممنوع‌المصاحبه هستم.»
او پس از تکرار این پرسش، باز هم، همین پاسخ را ارائه کرد.
سازمان میراث فرهنگی کشور از زمانی که با سازمان ایرانگردی و جهانگردی ادغام شد، ریاست سیدحسین مرعشی، اسفندیار رحیم‌مشایی، حمید بقایی، روح‌الله احمدزاده، حسن موسوی و محمدشریف ملک‌زاده را تجربه کرد تا آن‌که در دولت یازدهم و پس از مطرح شدن نام کاندیداهایی مانند سیدرضا صالحی امیری، حسین مرعشی، سیدمحمد بهشتی، مهدی حجت، مرتضی بانک و احمد مسجدجامعی برای ریاست بر این سازمان، سرانجام قرعه به نام محمدعلی نجفی افتاد، آن هم درست چند روز پس از آن‌که نجفی با اختلاف یک رأی در مجلس شورای اسلامی، نتوانست وزیر آموزش و پرورش دولت یازدهم شود.
محمدعلی نجفی پس از آمدن به این سازمان، افرادی را مانند بهشتی و حجت که در گذشته، ریاست سازمان میراث فرهنگی کشور را تجربه کرده بودند، به کار دعوت کرد؛ بهشتی مشاور و حجت نیز قائم‌مقام و معاون میراث فرهنگی او در این سازمان شد.
او سپس با مطرح کردن نام حسین عادلی - رییس کل اسبق بانک مرکزی ایران - به‌عنوان مشاورش، امیدها را برای نجات این سازمان تقویت کرد، هرچند عادلی فقط در همان روزهای نخست در سازمان دیده شد. نجفی بعدها سعید شیرکوند - معاون وزارت اقتصاد در دولت اصلاحات - را به‌عنوان معاون برنامه‌ریزی و سرمایه‌گذاری این سازمان به همکاری دعوت کرد و بهمن نامورمطلق را نیز که در دوره‌ی ریاست میرحسین موسوی در فرهنگستان هنر، معاون پژوهشی این مرکز بود، به سمت معاون هنرهای سنتی و صنایع دستی این سازمان برگزید و معاونت گردشگری را هم به مرتضی رحمانی موحد، دیپلماتی از وزارت امور خارجه سپرد.
