براساس گزارش‌ها از پاکستان دولت این کشور موفق نشده است تا برای ادامه فعالیت این دادگاها مجوزهای قانونی پارلمانی را بدست آورد.
همین گزارش‌ها حاکیست که احزاب مخالف با ادامه فعالیت آنها مخالفت کردند و برخی هم در خصوص ادامه فعالیت آنها گفته‌اند که تصمیمی در این‌باره نگرفته‌اند. در سال ۲۰۱۷ و دو سال پس از ایجاد آنها، این دادگاه‌ها با رای پارلمان توانستند به کار خود تاکنون ادامه دهند.
این دادگاه‌ها در سال ۲۰۱۵ و به دنبال کشته شدن بیش از ۱۳۰ دانش‌آموز در مدرسه متعلق به ارتش پاکستان در سال ۲۰۱۴ ایجاد شدند.
براساس گزارش بی‌بی‌سی، در حمله شانزدهم دسامبر ۲۰۱۴ به مدرسه پیشاور، هفت نفر از نیروهای طالبان در حالی که مواد منفجر به خود بسته بودند، با بریدن حصارهای فلزی توانستند وارد این مدرسه دولتی و نظامی شوند. آنها کلاس به کلاس رفتند و بیش از ۱۵۰ نفر از جمله ۱۳۲ دانش‌آموز را کشتند و بیش از ۱۲۰ نفر را زخمی کردند. هر هفت مهاجم در این عملیات کشته شدند.
دادگاه‌های نظامی در سال ۲۰۱۵ و به دنبال کشتن بیش از ۱۳۰ دانش‌آموز در مدرسه متعلق به ارتش پاکستان در سال ۲۰۱۴ ایجاد شدند.
دولت پاکستان بیش از ۷۰۰ نفر را به این دادگاها ارجاع داده است که حدود ۳۰۰ نفر از آنها به اعدام محکوم شدند.
اکنون با تعلیق ادامه فعالیت این دادگاها مشخص نیست که سرنوشت تعدادی از پرونده‌های ارجاع شده به این دادگاه‌ها چه خواهد شد.
برخی از گزارش‌ها می‌گویند که تعدادی زیادی از افراد ارجاع شده به این دادگاه‌ها از اعضای طالبان پاکستان هستند.
پیشتر و به دنبال ایجاد این محاکم نظامی، مقام‌های پاکستان گفته بودند که دادگاه‌های نظامی به روند اجرای عدالت کمک می‌کنند اما گروه‌های حقوق بشری از پنهانکاری روند فعالیت این دادگاه‌ها انتقاد کرده و مدعی بوده‌اند که این دادگاه‌ها به زور از متهمان اعتراف می‌گیرند.
منتقدان همچنین می‌گویند که دادگاه‌های نظامی به طرز قابل توجهی قدرت و اختیارات ارتش پاکستان را افزایش داده‌اند.
یک کمیسیون بین‌المللی نیز پیشتر و با انتقاد از تشکیل چنین دادگاه‌هایی گفته بود که دادگاه‌های غیرنظامی در پاکستان باید تقویت شده و قضات و بازرسان پرونده‌ها اختیار و امنیت بیشتری داشته باشند.
